Je maakt deel uit van het 'F.E.A.R.'-team of het 'First Encounter Assault Recon'-team, een geheime organisatie dat gespecialiseerd is in paranormale bedreigingen voor de mensheid. In de eerste game werd je als groentje meteen in het heetst van de strijd gegooid. Commandant van een bataljon Replica Soldaten, Paxton Fettel, bestormt met zijn troepen het Armacham Technology Corporation hoofdkwartier. Mysterieuze videobeelden tonen dat Paxton een van zijn slachtoffers smakelijk verorbert. Om het incident op te lossen word jij op missie gestuurd om een einde te maken aan Paxton's gekte. In een verlaten gebouw kom je oog in oog te staan met Paxton, die de enigmatische woorden: "ze verdienden het allemaal om te sterven" uitkraamt. Terwijl jij je bewustzijn verliest, verliest het F.E.A.R.-team alle sporen van Fettel.